与现代网络社会共同产生的假想空间数码世界，诞生了数位生命体数码兽，主机世界树管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、世界树发动计划要除去所有的数码兽现在，数码世界史上最大的危机逼近了！拥有抗体的多路兽及它的朋友们，应该如何应对呢？